为什么Java源代码与其反编译结果之间存在（有时是很大的）差异？

我将一些[相对复杂的] Java代码编译成.class文件，然后使用jad将其反编译回Java。当然，代码被混淆了，这是可以预料的。但是，考虑到我拥有原始代码，我认为我可以很容易地浏览反编译的代码。但是，我注意到代码中的差异，例如定义了某些变量的位置（包括范围的差异）。
有什么主要原因吗？我想这只是代码反编译中发生的事情之一，但我对引起更改的因素（例如代码的复杂性，是否引用其他文件等）感到更加好奇。为我很好地解释了哪些因素导致代码前后的差异？
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从技术上讲，.class文件是从jar中提取的。我提取了内容并在其中使用了.class文件。
就我使用的混淆器而言，我使用了具有以下选项的Retroguard混淆器（我目前只是在探索混淆并找出每件事对最终结果）：

.option Application
.option Applet
.option Repackage
.option Annotations
.option MapClassString
.attribute LineNumberTable
.attribute EnclosingMethod
.attribute Deprecated

脚本的文档可以在其网站上找到。有点杂乱无章，但您应该能够在其中找到足够的解释。同样值得注意的是，我剥离了泛型和局部变量表。
我现在还设置了一种方法（受Minecraft Coder Pack的创建者启发），使用文件中的数据重命名源。 ，然后将其传递到包，类，方法和字段的列表的字典。

# snippet from the MCP version (mine's slightly different) (all in Python):
srg_types = {'PK:': ['obf_name', 'deobf_name'],
            'CL:': ['obf_name', 'deobf_name'],
            'FD:': ['obf_name', 'deobf_name'],
            'MD:': ['obf_name', 'obf_desc', 'deobf_name', 'deobf_desc']}
parsed_dict = {'PK': [],
               'CL': [],
               'FD': [],
               'MD': []}

然后从文件中解析一行，并将其传递到parsed_dict中，然后用于重命名所有内容（来来回回）。在编译之后而不是在第一次编译之后实现（我注意到了差异）。