使用R从ESRI文件地理数据库（.gdb）读取表

library(rgeos)
library(downloader)

download("https://coast.noaa.gov/htdata/CMSP/AISDataHandler/2014/01/Zone9_2014_01.zip", dest="Zone9_2014_01.zip", mode="wb")
unzip("Zone9_2014_01.zip", exdir = ".")

#  Not Run (loads large point file)
#  broadcast <- readOGR(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Broadcast")

vessel <- readOGR(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Vessel")

#1 楼

现在可以由sf读取，并带有

vessel <- sf::st_read(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Vessel")

它返回警告（不存在要素几何），但返回表的data.frame。请参阅从此处开始的线程：https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-geo/2018-February/026344.html

#2 楼

我使用的是GDAL 2.0.2，它已“附带”了FDGB支持，并且没有第三方FGDB驱动程序来研究这些东西。测试环境是Debian Jessie 64位。

简而言之，似乎“ Zone9_2014_01_Vessel层”包含纯属性数据，而Zone9_2014_01_Broadcast层包含位置数据。您可以在R中通过系统调用以及GDB与shapefile容器的对话（答案的最后一个脚本）使用变通方法。

以下是调查步骤：

 $ mkdir ~/dev.d/gis-se.d/gdb 
$ cd ~/dev.d/gis-se.d/gdb
$ wget https://coast.noaa.gov/htdata/CMSP/AISDataHandler/2014/01/Zone9_2014_01.zip
$ unzip Zone9_2014_01.zip
$ ogrinfo Zone9_2014_01.gdb Zone9_2014_01_Vessel | head -20
Had to open data source read-only.
INFO: Open of `Zone9_2014_01.gdb'
      using driver `OpenFileGDB' successful.

Layer name: Zone9_2014_01_Vessel
Geometry: None <---------------------------- HERE 
Feature Count: 1282
Layer SRS WKT:
(unknown)
FID Column = OID
MMSI: Integer (0.0)
IMO: Integer (0.0)
CallSign: String (255.0)
Name: String (255.0)
VesselType: Integer (0.0)
Length: Integer (0.0)
Width: Integer (0.0)
DimensionComponents: String (255.0)
OGRFeature(Zone9_2014_01_Vessel):1
  MMSI (Integer) = 367603345
 

请参阅将字段Geometry设置为None。您可以使用ogr2ogr将数据转换为形状文件，并且仅获取dbase属性文件：

 $ ogr2ogr -f 'ESRI SHAPEFILE' test Zone9_2014_01.gdb Zone9_2014_01_Vessel
$ ls test

Zone9_2014_01_Vessel.dbf
 

在层Zone9_2014_01_Broadcast中可以找到几何形状（位置）。



AIS消息协议。

使用系统调用GDB进行shapefile对话，并使用软件包foreign读取dbf，这是R中的完整解决方法：

$ ogr2ogr -f 'ESRI SHAPEFILE' test Zone9_2014_01.gdb
$ ls test

Zone9_2014_01_Broadcast.dbf  
Zone9_2014_01_Broadcast.shp  
Zone9_2014_01_Broadcast.prj  
Zone9_2014_01_Broadcast.shx  
Zone9_2014_01_Vessel.dbf
Zone9_2014_01_Voyage.dbf

#3 楼

Esri最近在R和ArcGIS之间发布了一个集成，称为R ArcGIS Tools。它提供了R和ArcGIS之间的集成，从而使得可以互换地访问R工具和ArcGIS资源。通过这种集成，您应该能够访问地理数据库要素类/表。

此处提供了示例R工具，并在此处提供了说明地理处理脚本中R用法的示例工具。

#4 楼

不确定是否可以使用readOGR进行此操作，但请尝试

vessel <- readOGR(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Vessel", dropNULLGeometries = FALSE)

如果不行，请直接尝试ogr2ogr，它可以将非几何图形导出到表中。 （一旦您使进程崩溃，也许可以尝试使用R软件包gdalUtils来运行该软件包。）

#5 楼

此自定义函数基本上遵循@huckfinn概述的路径，但使用@mdsumner建议的gdalUtils库。

read_GDB_Layer <- function(dsn, layerName, overwrite = T) {
   conversionDir <- tempdir()

   gdalUtils::ogr2ogr(src_datasource_name = dsn, 
                      dst_datasource_name = conversionDir, 
                      f = "ESRI Shapefile", layer = layerName, 
                      verbose = T, overwrite = overwrite)

   df <- foreign::read.dbf(file.path(conversionDir, paste0(layerName, ".dbf")))

   return(df)
}

像这样运行：

vsl <- read_GDB_Layer(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layerName = "Zone9_2014_01_Vessel")
vyg <- read_GDB_Layer(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layerName = "Zone9_2014_01_Voyage")

如果尚未安装gdal，则说明将需要安装它以提供对gdalUtils的访问。您可以在此处找到有关“ gdal”安装的二进制文件和说明。

#6 楼

我能够通过Conda安装GDAL并通过以下步骤运行readOGR。
所需程序：
Rstudio（可从此处下载：https://rstudio.com/products/rstudio/download/）
Anaconda3（可从此处下载：https://www.anaconda.com/products/individual）
您将需要安装GDAL才能运行Rstudio函数来打开.gdb文件。安装GDAL的一种方法是通过Conda，我将在这里进行描述：
在Conda中安装GDAL：

在提供的链接中安装Anaconda3。
在Windows中搜索Anaconda Navigator。搜索框。
单击Anaconda Navigator左侧的环境。
创建一个新环境，其左下角带有+按钮。
在环境的顶部栏中，单击在下拉菜单中选择“未安装”。
在“未安装”软件包中搜索gdal。
安装r-gdalutils，r-rgdal，gdal和libgdal。 （我不确定所有这些是否确实必要，我只是安装了名称为gdal的任何东西）。安装可能需要几分钟。

readGDBlayer函数适用于Marine Cadastre上的2014 .gdb文件（示例数据源自此），但无法在2009-2013年打开.gdb文件。我不确定为什么会这样。 readOGR函数能够打开2009年至2013年的.gdb文件。
这里是2009 AIS数据的链接，您可以下载https://coast.noaa.gov/htdata/CMSP/AISDataHandler/2009/ index.html。有谁知道为什么readGDBlayer函数不能使用此数据？